Les systèmes de microscopie de surface monochromatique sont conçus pour imager des couches cérébrales jusqu'à 150 µm de profondeur. Sans implants à tige (par exemple, lentilles GRIN), la microscopie de surface est moins invasive que la microscopie cérébrale profonde. La combinaison avec des prismes en verre de 1,5 mm est également possible pour imager des structures cérébrales jusqu'à 1,5 mm de profondeur.